วัดนาเขื่อน เป็นวัดเก่าแก่ สร้างตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 5 ได้รับอนุญาตให้สร้างวัดเมื่อ พ.ศ. 2405 ต่อมาในปี พ.ศ. 2500 ได้ร้างไประยะหนึ่ง

ไม่มีพระจำพรรษา จนถึงในปี พ.ศ. 2503 พระครูศรีสัตยาภิวัฒน์ ได้ส่งพระประกอบ สีตธมฺโม มารักษาการเป็นเจ้าอาวาสองค์แรก วัดนาเขื่อนได้รับวิสุงคามสีมาเมื่อประมาณ พ.ศ. 2452 แนวเขตวิสุงคามสีมา กว้าง 6.50 เมตร ยาว 11.50 เมตร บูรณปฏิสังขรณ์ครั้งแรกเมื่อประมาณปี

พ.ศ. 2477 และครั้งที่สอง ประมาณปี พ.ศ. 2512 ได้รับหนังสือรับรองสภาพวัดจากสำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัดชลบุรี ตามมาตรา 31

แห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 แก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ (ฉบับที่2) พ.ศ. 2535 ณ วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2553